☆ 1、如有部分内容理解不透或消化不好，可免费在以后培训班中重听；
      ☆ 2、在课程结束之后,授课老师会留给学员手机和E-mail,免费提供半年的课程技术支持，以便保证培训后的继续消化；
      ☆3、合格的学员可享受免费推荐就业机会。
      ☆4、合格学员免费颁发相关工程师等资格证书，提升您的职业资质。

• Sequencher 是 DNA 序列分析的工业标准软件。它可以和所有的自动序列分析仪一同工作，并且因为它的极速 Contig 组装、很短的学习曲线、用户友好的编辑工具，以及卓越的技术支持而众所周知。从差不多15年前释出第一个版本到现在，Sequencher 在每个基因专业和制药公司中都应用于序列分析任务，同时在全球超过40个国家里为数众多的学术和政府实验室中使用。Sequencher 被生命科学研究者们使用于许多不同的 DNA 序列分析应用方面，包括基因重组、突变检测、法医的人体辨别，以及分类学等等...
• Sequencher 的能力包括杂合子和 SNP 的检测和分析，从DNA 到 染色体 DNA 的大型间隙对准，比较排序，对置信评分的支持、ORF 转换、基因银行特性化导入、以及限制酶映射等等。Sequencher新版本为5.4.6。
  
• 所有DNA序列分析的新功能和增强功能：
• Sanger：
• 从Primer-BLAST发送引物对序列，在Sequencher Connections中运行到Sequencher项目
• 轻松使用项目窗口中的共有序列作为混合测序项目的NGS对比的参考序列
• New Batch Revert Trim Ends命令
• 能够在项目窗口中调整字体大小
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• NGS：
• 更快的GSNAP 和 BWA-MEM工作流程
• 构建可重复用于与全基因组对比的GSNAP数据库和BWA索引
• 使用FastQC报告查看和保存NGS原始数据文件的质量得分和元数据
• 生成变体调用文件（VCF）以使用SAMtools标记NGS对齐中的变体
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• RNA-Seq：
• 扩展袖和套装，加入Cuffquant和Cuffnorm
• Cuffdiff和Cuffnorm的独特条件和重复编辑器
• 增强的RNA-Seq可视化，具有自定义排序和过滤选项
• 使用增强的外部数据浏览器轻松管理所有DNA-Seq和RNA-Seq项目
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• Sequencher 产品特性：
• SNP 检测 (SNP Detection)
• 序列装配 (Sequence Assembly)
• 序列编辑 (Sequence Editing)
• 自动分析 (Automated Analysis)
• 矢量微调 (Vector Trimming)
• SNP 检测
• 使用 Sequencher 来进行比较对准以便鉴别和报告 SNP 以及突变。
• 例如，调用第二峰，功能分析你的所有序列以寻找潜在的杂合子。你可以控制定义一个杂合子的严格度。
• 在装配总揽中表示出所有杂合子的位置
• 你可以从一个杂合子跳到下一个，而仅仅需要在 Base View 里面按一下空格键。你还可以观察一致及其参考序列的转换。
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  一致及其参考序列的区别会列在一个可导出的表格内。参考序列确保从一个装配到下一个装配时，SNP 的数目保持一致。
• 序列装配
• Sequencher 的装配算法可以将你的 DNA 片断快速而又准确的装配起来。自觉的工具允许你在数秒内就可以设置好参数并且调整它们。
• 你完全可以不顾方向的装配序列。Sequencher 会比较前端和反转补体方向来装配极可能的 Contig。
• 将 Sequencher 的多功能装配工具应用到：
• 确定矢量构造
• 装配病毒和细菌基因组
• 从 DNA 库中聚类数以万计的序列
• 将基因变体和一个参考序列做对比
• 创建一个引物地图
• 将 DNA 装配成基因组序列
• 以及其他许多项目...
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• 下一代DNA测序（NGS）
• Sequencher通过将新的同行评审的NGS算法从命令行中带入直观的点击界面，为台式科学家提供支持。无论是执行参考引导的比对，从头组装，变体调用还是SNP分析，Sequencher都拥有获得结果所需的工具。Sequencher集成了全面的Cufflinks套件，用于深入转录分析和RNA-Seq数据的差异基因表达。Sequencher可以使用自定义图表和图表轻松生成RNA-Seq数据的独特可视化，从而在几秒钟内为您提供可用于发布的图形。
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• Sanger DNA分析
• Sequencher广泛的Sanger分析功能是它构建的基础。从头到尾可定制，没有其他程序可以为您提供与Sequencher相同的功能。凭借易于使用的界面已经磨炼超过25年，第一次用户将在几分钟内感觉像专业人士。修剪读取，自定义装配和对齐算法，变化表，摘要报告，注释等所有内容。
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• 序列编辑
• Sequencher 能够给你足够的信心认为一个序列是绝对正确的。你可以只观察一个序列的色谱图，你也可以从前端或反方向同时查看多个对齐的色谱图。 在你的已对齐数据中滚动是很容易的。你可以使用 Sequencher 的选择工具来高亮不一致或者低质量的区域。
• 自动分析
• Sequencher 可对你的数据进行批处理，这个过程是透明、用户可定义、可恢复的，并且 Sequencher 从不为了自动化的目的而破坏你科学结论的正确性。
  当你工作在多个序列时，Sequencher 可以：
  
• 调用第二峰
• 调整矢量
• 调整低质量的尾端
• 创建一致序列
• 恢复到实验数据
• Sequencher 总是管理两份数据，一份编辑过的，一份则是原始的导入数据。当你应用“Revert to Experimental Data”命令到在你项目中已选定的序列或者在一序列中的选中部分时，你可以撤销所有或者部分编辑动作。
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• 自从 4.5 以后，Sequencher 就包含了一个新的自动化工具，“Assemble by Name”。依靠“Assemble by Name”，你可以选择片段名的一部分作为一个共享的标识符，或者说是“装配句柄”。Sequencher 就可以将选择和名字自动转换为 Contig。例如，仅仅通过一个按钮的点击，你就可以将 90 个文件，45对前端和反向序列转换成 45 个根据你的病人编号命名的 Contig。装配参数的每个变化都会重组你的片段，因此你可以根据克隆编号、日期、引物，或者其他任何你记录在序列名称中的特征，来装配 Contig。
• 如果你做了许多排序，你会感激“Assemble by Name”，尤其是在你有许多个带有一个标准引物集的样本序列时。事实上，任何在序列名中具有可用信息人的人，都有可能使用“Assemble by Name”。一些应用包括：
• 用于身份鉴定和人口研究的 MHC 和线粒体基因排序。
• 候选基因的 PCR 产品的分析。
• 对保存的跨系统分类物种基因的排序。
• 通过跟踪病毒对抗病毒剂或疫苗的抗药性，对病毒序列进行监控。
• 即使在项目中只有一个 Contig，“Assemble by Name”仍然是有用的，因为它确保 Contig 的名称可以精确的表述样本的名称。如果你有命名为“Bob”的样本，那么正确命名你的 Contig 并不是什么难事，但你有象“Bob-2309888762-4321”这样更复杂的名字时，允许 Sequencher 命名你的 Contig 是非常有用的。
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• 矢量调整
• 自动排序器以基础调用错误生成结果。从 DNA 库克隆的序列通常包括矢量序列、polyA 尾，或其他不相关序列。内含子和引物序列通常会和放大的外显子序列侧面相连。不调整的话，这些污染物会扭曲你的装配和下游分析。 Sequencher 允许你调整低质量或者含糊的数据。“Trim Ends”将令人误解的数据从序列片段的尾部去除。“Trim Vector”将污染序列尾部的特定序列数据移除。“Trim to Reference”剔除超出装配参考序列的序列尾部。
• 在执行一个调整之前，Sequencher 会显示一个计划调整的图形描述，这个功能甚至允许你重新定义你的条件。
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• 系统要求：
• Macintosh最低要求：
• 10.7甚至更高
• RMA 3GB（使用NGS数据需要更多RAM，建议至少16GB。打印数据集可能需要额外的RAM。）
• 用于Sanger DNA分析的355MB硬盘空间和用于NGS-Seq分析的额外320MB硬盘空间
• Windows最低要求：
• RAM 3GB（使用NGS数据需要更多RAM，建议至少16GB。大型数据集可能需要额外的RAM。）
• 用于Sanger DNA分析的280MB硬盘空间和用于NGS-Seq分析的额外580MB硬盘空间